2015年11月25日，由國家海關總署、財政部、國家稅務總局、國家外匯總局四部委于聯合批準設立；鹽城港保稅物流中心是鹽城地區唯一一家保稅物流中心（B型），是允許多家企業進入并從事保稅倉儲物流業務的海關集中監管場所。以港口為依托，以市場需求為導向，對完善我市沿海集疏運體系、做優對外開放載體平臺、加速臨港企業集聚發展具有積極地推動作用。
鹽城港保稅物流中心一期現建有倉庫6棟，共計倉儲面積55000平方米，其中包括月臺式倉庫4棟、通用式倉庫1棟、冷鏈倉庫1棟；集裝箱、散貨堆場共5萬平方米；監管倉庫，驗貨平臺，卡口及控制室，進境肉類、水果綜合型指定監管場地，跨境電商監管平臺。具備年處理貨物200萬噸以及10萬標箱的綜合能力。
預計2025年二期新投入使用14萬平方米通用倉庫，3.5萬噸冷庫；增加貨物年處理能力600萬噸，凍品年處理能力12萬噸。統一規劃建設將實現多種監管場所分類監管到多合一集約化監管，充分發揮監管資源的集聚效應，形成管理合力，提高管理效能。
保稅物流中心進境肉類、水果綜合型指定監管場地已于2023年通過海關總署國家級驗收，填補了江蘇中部地區無進境肉類及進境水果指定監管場地的空白，為進出口企業提供開展進口肉類、水果等冷鏈業務的冷鏈基地。2024年12月，一批來自菲律賓的香蕉，運抵鹽城港保稅物流中心進境肉類、水果綜合性指定監管場地，經鹽城海關核查后順利通過，該票貨是鹽城地區首票進境水果業務，標志著鹽城在水果進境領域迎來新進展、新突破。
根據鹽城市跨境電商“1+4+N”的整體布局，鹽城港保稅物流中心作為鹽城跨境綜試區核心區，將大力開展跨境電商“網購保稅進出口”（1210）模式業務。江蘇鹽城港莎士比亞電子商務有限公司作為保稅物流中心的全資子公司，主要進行自營和代理各類商品和技術的進出口業務服務，在鹽城港保稅物流中心擁有保稅區 A2倉庫作為跨境電商監管中心，自主運營市級跨境電商園區“鹽城港跨境電商園”，依托鹽城港跨境電商園，以“網紅經濟+商圈產業+直播平臺”為核心優勢，積極構建“區塊鏈貿易”“跨境物流+云倉”“跨境+產業帶”等新業態模式，與國內外企業開展跨境電商合作，打造鹽城地區國內國際“雙循環”標桿電商園區，引導傳統企業向外貿轉型。
鹽城港跨境電商園坐落于莎士比亞商貿小鎮內，地處大豐海港新城核心區，前期總投資1.5億元，占地面積2.1萬平方米，建筑面積3.9萬平方米，于2022年6月正式運營，致力于打造集線上集成+跨境貿易+綜合服務功能型園區，全力構造投資貿易便利化、監管服務高效化、法制環境規范化、極具鹽城特色的沿海跨境電商創新示范園區。利用大豐港的地緣優勢，打造以日韓市場為主、輻射東南亞及歐美地區的跨境電商進出口物流集散中心。
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